Zusätzlich zur Tatsache, dass Daisycon so wenig Daten wie möglich speichert (Datenschutz durch Technik), strebt Daisycon nach der größtmöglichen Sicherheit für ihre Systeme. Um dies zu erreichen arbeitet Daisycon mit Firmen zusammen, die sich auf Datenschutz spezialisiert haben. Zudem nutzt Daisycon fortgeschrittene Erkennungssoftware. Zusätzlich zu regulären Checks durch die eigene IT-Abteilung, führt Daisycon regelmäßig sogenannte Penetrationstests durch. Daisycon hat ebenfalls Standard Kontrollprozesse für die Liveschaltung von neuer Software. Dies stellt sicher, dass ausschließlich sichere Software zwischen den Penetrationstests eingesetzt wird.
Daisycons Server werden in verschiedenen Regionen in den Niederlanden durch externe Hosting Provider betrieben. Diese sind ISO 9001 und ISO 27001 zertifiziert.