Zur Gewährleistung der Sicherheit von Systemen und Daten arbeitet Daisycon mit Sicherheitsspezialisten zusammen, setzt fortschrittliche Erkennungssoftware ein, führt regelmäßige Penetrationstests durch und verfügt über standardisierte Prozesse für neue Software. Nur autorisiertes Personal hat Zugriff auf Daten, und die Mitarbeitenden sind im Bereich Datenschutz und Informationssicherheit geschult.
Server werden in den Niederlanden bei nach ISO 9001 und ISO 27001 zertifizierten Anbietern gehostet. Daten werden gemäß den gesetzlichen Aufbewahrungsfristen gespeichert, wobei Daisycon als Auftragsverarbeiter fungiert und der Werbetreibende Verantwortlicher bleibt.