Naast dat Daisycon zo min mogelijk data opslaat (privacy by design), streeft Daisycon naar de beste beveiliging van haar systemen. Hiervoor werkt Daisycon samen met professionele databeveiligingsbedrijven en gebruikt Daisycon geavanceerde detectiesoftware. Naast de reguliere controles door haar eigen technische afdeling laat Daisycon met regelmaat zogeheten penetratietests uitvoeren. Ook heeft Daisycon standaard controleprocessen voor de implementatie van nieuwe software. Hierdoor wordt geborgd dat tussen de penetratietests door, alleen veilige software in gebruik wordt genomen.
De servers van Daisycon worden binnen Nederland op verschillende locaties beheerd door externe hostingproviders. Deze zijn ISO 9001 en ISO 27001 gecertificeerd.